Фамилия Прядохина образована от прозвища или мирского имени Прядоха. В её основе — глагол «прясть» и суффикс -ох(а), который в русских говорах часто придавал слову значение деятеля, склонного к частому или профессиональному занятию. То есть Прядоха — это не просто «та, кто прядёт», а скорее «искусная пряха», «та, что всё время за прялкой». Такая модель словообразования (глагольная основа + -ох-) встречается и в других русских фамилиях: например, Торопыга (от торопиться), Сидень (от сидеть), Гуляка (от гулять). Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Прядохин, то есть сын или потомок Прядохи.

Фамилия имеет ярко выраженную женскую основу: Прядоха — почти всегда женщина, поскольку прядение в крестьянском быту было исключительно женским занятием. Это отличает её от множества фамилий, образованных от мужских прозвищ или имён. В документах XVII–XVIII веков встречаются записи о крестьянках, которых в переписных книгах могли записать как «вдова Прядоха» или «девка Прядоха». Позднее, при закреплении фамилий, такое прозвище могло перейти на мужа или детей — отсюда и форма Прядохин/Прядохина.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России, особенно к Вологодской, Архангельской и Костромской областям. В этих краях прядение льна было основой домашнего хозяйства, и прозвище Прядоха могло даваться не просто за умение, а за особое мастерство или даже за то, что женщина кормила семью пряжей на продажу. В некоторых говорах слово «прядоха» имело ироничный оттенок — так могли назвать слишком усердную или суетливую работницу.

В отличие от более распространённых фамилий на «пряж» (Пряжников, Пряхин), Прядохина встречается реже. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна относит её к группе фамилий, образованных от названий занятий с помощью редких суффиксов, что делает её ценной для ономастики: она сохраняет живую диалектную черту, почти исчезнувшую в современном языке.