Фамилия Пшегарлинский почти наверняка имеет польское происхождение. Её основа — скорее всего, название населённого пункта, а сама фамилия образована по типичной для польской шляхты модели: корень + суффикс -ский/-цкий, который указывает на принадлежность к месту. В данном случае мы видим формант -инский, который является вариантом того же суффикса, часто встречающимся в фамилиях от топонимов на -ин.

В основе лежит корень «Пшегарль» (Przegarl). В польском языке «przegarać» — устаревшее слово, означающее «перегорать», «выгорать», но в качестве названия места оно могло относиться к выжженному участку леса (гари) или к местности, где практиковалось подсечное земледелие. Таким образом, Пшегарлинский — это человек из местности под названием Пшегарле (Przegarle) или Пшегарлин (Przegarlin). Такие топонимы встречаются в Польше, например, деревня Пшегарле в Куявско-Поморском воеводстве.

Словообразовательная модель типична для фамилий, которые носили представители польской шляхты (застянковой или мелкопоместной). Приставка «Пше-» (prze-) в польском языке — приставка со значением «пере-», «через-», что дополнительно указывает на польское, а не русское происхождение. В русском языке такой приставки нет, и фамилия звучит как чужеродный элемент, что подтверждает её западное происхождение.

Важно отметить, что в русских документах фамилия могла искажаться: буква «г» в корне могла произноситься твёрдо, а окончание -ский оставалось неизменным, так как для русского уха это привычный суффикс. Однако изначально фамилия — чисто польская, и её носители, скорее всего, были выходцами из Речи Посполитой, переселившимися на восток (в Беларусь, на Украину или в Россию) в XVII–XIX веках. Других версий происхождения — от прозвища или профессии — для этой фамилии не существует, так как географическая привязка здесь очевидна благодаря суффиксу.