Фамилия Пугнатов — один из тех редких случаев, когда основа слова не бросается в глаза и не лежит на поверхности. Если отбросить типичный русский фамильный суффикс -ов, остаётся корень Пугнат-. Сразу бросается в глаза, что это не исконно славянское имя или прозвище вроде «Пуган» или «Пугливый» — в последнем случае мы бы имели форму Пуганков или Пуганов. Форма на -ат- указывает на иноязычное происхождение основы.

Наиболее вероятная версия — связь с крестильным именем Пугнат, которое является народной, упрощённой формой латинского имени Понтий (Pontius). В русской крестьянской среде сложные латинские и греческие имена нередко «обрубали» и переделывали на свой лад: так Понтий превращался в Пугната, а Понтий Пилат в народных легендах иногда именовался Пугнатом. Соответственно, Пугнатов буквально означает «сын Пугната» или «потомок Пугната». Фамилия образована по стандартной отчестваной модели, как Иванов или Петров, только от более редкого имени.

Есть и менее вероятная, но любопытная версия, которую иногда выдвигают ономасты-любители: связь с диалектным глаголом «пугнать» — пугать, гнать с шумом. В этом случае Пугнат — прозвище пугливого или, наоборот, того, кто всех пугал. Однако эта гипотеза слабая: глагол с таким значением не зафиксирован в авторитетных словарях русских говоров, а суффикс -ат в прозвищах встречается редко и обычно в других контекстах (Горбат, Носач).

Географически фамилия Пугнатов — редкая. Она не относится к массовым дворянским или купеческим родам. Скорее всего, её носители — потомки крестьян или однодворцев южнорусских и центральных губерний, где имя Пугнат могло бытовать вплоть до XVIII века. Перепись 1897 года фиксирует единичные случаи в Воронежской и Курской губерниях. В современной России фамилия встречается спорадически, без явного регионального сгущения.

Таким образом, Пугнатов — это редкая патронимическая фамилия, образованная от народной формы канонического имени Понтий. Её носитель с большой вероятностью происходит из крестьянской среды, где имя передавалось по традиции, а не по святцам.