Фамилия Пугатова — женская форма от Пугатов, а та, в свою очередь, почти наверняка восходит к прозвищу Пугатый. В русских говорах слово «пугатый» означало «пугливый», «боязливый», «тот, кто всего пугается». Человек с таким прозвищем, скорее всего, отличался робким, тревожным нравом или же получил его в шутку — «от обратного», как нередко бывало в деревенской среде.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов (в женском роде -ова) присоединялся к основе прозвища или мирского имени. В данном случае основа — «пугат-», то есть усечённая форма от прилагательного «пугатый». Фамилии на -ов/-ев обычно принадлежали крестьянам и мещанам центральной России, но точную географию бытования Пугатовых по одним лишь архивным данным без специального исследования назвать трудно.

Любопытно, что фамилия Пугатов не имеет прямого отношения к Емельяну Пугачёву. Пугачёв — от прозвища Пугач (филин, а также человек, который пугает), а Пугатов — от «пугатый». Это разные корни: первый — активный, «пугающий», второй — пассивный, «пугающийся». Встречается и вариант Пугатов с ударением на второй слог, что может указывать на диалектное произношение в некоторых регионах.

В дореволюционных переписях фамилия Пугатов (и Пугатова) фиксируется спорадически, без привязки к какому-то одному сословию. Скорее всего, предки носительницы фамилии были государственными или помещичьими крестьянами, получившими фамилию по бытовому прозвищу. Никаких известных исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано, что делает её типичным образцом «народной» ономастики — без громкой истории, но с ясным и живым значением.