Фамилия Пугатов — один из тех случаев, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив звучную и эмоционально окрашенную основу. В её основе лежит древнерусское нецерковное имя или прозвище Пугатый. Слово «пугатый» в говорах означало «пугливый», «боязливый», «тот, кто всего пугается». Так могли прозвать очень осторожного или трусоватого человека, либо, напротив, дать имя «от противного» — чтобы злой дух не тронул ребёнка, считая его ничтожным и не стоящим внимания. Эта практика «охранительных» имён была широко распространена на Руси.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на твёрдый согласный. Пугатов буквально означает «сын Пугатого» или «потомок человека по прозвищу Пугатый». Фамилия относится к самым массовым — патронимическим, на -ов и -ев, которые в центральной России и Поволжье составляют основу фамильного фонда.

Интересная деталь: фамилия Пугатов не связана напрямую с глаголом «пугать» в значении «устрашать». Слово «пуга» в старых диалектах имело и другие значения — например, «пугач» (филин) или «пугало» (чучело в огороде). Однако для прозвища Пугатый наиболее вероятна именно психологическая характеристика: пугливый, робкий нрав. В говорах встречалось и слово «пуга» в значении «кнут» или «плеть», но производное «пугатый» от него маловероятно — скорее бы возникло прозвище Пуга или Пугало.

Географически фамилия Пугатов встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда. Её можно найти в архивных записях по Пензенской, Тамбовской и Саратовской губерниям — регионах, где были сильны традиции охранительных имён и прозвищ. В сословном отношении носители фамилии почти наверняка относятся к крестьянам или однодворцам: дворянские роды с такой основой не фиксируются.

Родственные фамилии — Пугачёв (от того же корня, но с другим суффиксом), Пугалов, Пугин. Пугачёв, благодаря историческому деятелю, стал гораздо известнее, но Пугатов старше по модели: суффикс -ов типичен для более раннего слоя фамилий, тогда как -ёв и -ев часто появлялись позже, из мягких основ. Так что Пугатов — фамилия с глубокими корнями, уходящими в прозвища допетровской Руси.