Фамилия Пугатин — редкий случай, когда прозвище строится не от глагола, а от существительного с неочевидным значением. На первый взгляд основа «пугат-» напоминает о глаголе «пугать», но в русской антропонимии модель «глагольная основа + -ин» почти не работает: суффикс -ин образует фамилии от слов, оканчивающихся на -а/-я (Пуга — Пугин, а не от «пугать»). Поэтому Пугатин, скорее всего, восходит к прозвищу Пугата — человеку, которого так прозвали за пугливый нрав, или, наоборот, за привычку пугать окружающих. Суффикс -ат- в прозвищах указывал на яркий признак: бородатый, носатый, волосатый. Пугата — тот, кто «пугает» или «пугается» в избытке.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным словом «пуга» — так в некоторых говорах называли сову или филина (птицу, которая «пугает» своим криком). Если прозвище Пугата закрепилось за человеком, похожим на сову (большие глаза, ночная активность, мрачный вид), то фамилия Пугатин оказывается «птичьей» по происхождению, как Соколов или Воробьин, но с очень редкой основой.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России — встречается в Воронежской, Тамбовской, Ростовской областях. Это указывает на позднее оформление: суффикс -ин в чистом виде (без -ов) чаще давал фамилии в южнорусской традиции, где прозвища на -ата были обычны. В переписных книгах XVII–XVIII веков Пугатины могли значиться как крестьяне или однодворцы, но документальных подтверждений для конкретной ветви нет.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пугачёв, Пуганов — подсказывает, что Пугатин стоит особняком. Пугачёв образован от «пугач» (тот, кто пугает, или филин), а Пуганов — от «пуган» (пуганый, испуганный). Пугатин же сохранил архаичную форму прозвища, которое могло быть и ласкательным, и уничижительным. В современном обиходе фамилия редкая, её носители разбросаны по стране, но в каждом случае за ней стоит прозвище человека, чем-то выделявшегося среди соседей — то ли характером, то ли внешностью.