Фамилия Пухначёв образована от прозвища Пухнач. Оно, скорее всего, берёт начало от глагола «пухнуть» со значением «вздуваться, полнеть, разбухать». Вероятно, именование Пухнач указывает на особенности внешности его обладателя. Кроме того, глагол «пухнуть» в некоторых диалектах имеет значение «спать». Можно предположить, что прозвище Пухнач отражает привычки его носителя. Так могли назвать того, кто любил долго спать. Так и прозвище Пухнач закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Пухначёв. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пухнач, со временем получил фамилию Пухначёв. Среди известных однофамильцев можно назвать механика, члена-корреспондента РАН, автора трудов по математическому моделированию процессов гидродинамики и тепломассообмена Владислава Васильевича Пухначёва.