Фамилия Пукшин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Пукшин послужило мирское имя Пукша. Так в старину называли лесную птицу семейства врановых — речь о кедровке, которую в народе метко прозвали «пукшей» за характерный резкий крик. Давая младенцу такое имя, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель животного мира.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть «Пукшин» буквально означает «сын Пукши», «ребёнок Пукши». Такая модель типична для фамилий, возникших из мирских имён, которые на Руси давали до распространения христианских календарных имён, а иногда и параллельно с ними. Мирское имя Пукша органично вписывается в ряд древнерусских «птичьих» имён — Воробей, Сорока, Соловей, — которые, по верованиям, должны были сблизить человека с природой и передать ему черты тотемного животного или птицы.

Согласно другой гипотезе, фамилия Пукшин ведет свое начало от аналогичного прозвища. Оно же, возможно, происходит от названия реки Пукша, протекающей в Ярославской области. Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Пукшиных был выходцем из этих мест. Такая версия тоже имеет право на существование: в русской ономастике немало случаев, когда фамилия отражает не личное имя, а топонимическую привязку. Однако версия с птицей выглядит правдоподобнее: во-первых, мирское имя Пукша зафиксировано в старинных документах независимо от реки, а во-вторых, прозвища от названий птиц были гораздо более массовым явлением, чем прозвища от названий небольших рек.

Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пукша, со временем получил фамилию Пукшин. О точном месте и времени возникновения фамилии Пукшин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пукшин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.