Фамилия Пукшин образована от мирского имени Пукша — так в старину называли лесную птицу семейства врановых. Родители, давая ребёнку подобное имя, хотели, чтобы природа воспринимала его как своего, а к нему перешли полезные качества, которыми наделён избранный представитель животного мира. Такая традиция имён-оберегов была широко распространена у славян: называя ребёнка «птичьим» именем, его словно прятали от злых сил.

Разбирая словообразовательную модель, видим типичный патронимический суффикс -ин, который указывает на принадлежность: Пукшин — сын Пукши. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединялся к основам на -а/-я, что как раз соответствует имени Пукша. Интересно, что в этом ряду стоят и другие фамилии от птичьих прозвищ — Воронин, Сорокин, Галкин, но Пукшин выделяется редкостью исходного слова.

Есть и вторая версия происхождения, которую нельзя сбрасывать со счетов. Имя Пукша могло возникнуть от названия реки Пукша, протекающей в Ярославской области. Тогда основатель рода Пукшиных — выходец из тех мест, и фамилия указывает не на прозвище, а на географическое происхождение. Такая модель тоже встречается: человека, переселившегося с берегов реки, могли прозвать по её имени, а уже его дети получали фамилию Пукшин.

Правдоподобнее выглядит первая версия — от птицы. Дело в том, что названия рек часто сами происходят от древних диалектных слов, и Пукша-река могла получить имя по той же птице, что водилась по её берегам. То есть обе версии могут сходиться в одной точке: и прозвище человека, и название реки имеют один корень. Впрочем, для рядового носителя фамилии это не меняет сути — его предок носил имя Пукша, а фамилия просто отвечает на вопрос «чей ты будешь?» — Пукшин, из рода Пукши.

Сам корень пук- в древнерусском языке связан со значением «пухлый, надутый, толстый» — вспомним слова «пуклый», «пучить». Возможно, прозвище Пукша могло достаться полному, дородному человеку. Но эта версия менее убедительна: слишком устойчиво в народной памяти закрепилось за словом именно птичье значение, а вот «пуклый» человек чаще получал прозвища вроде Пузан или Толстяк.

Фамилия Пукшин встречается нечасто, что объяснимо редкостью исходного имени. Правописание её устойчиво: с буквой «и» в суффиксе, без вариантов на -ов, поскольку основа заканчивается на -а. Встречаются родственные фамилии Пукша, Пукшанский, но они ещё более редкие. Сегодня носители фамилии рассеяны по разным регионам России, и проследить единый ареал расселения сложно — слишком мала выборка для статистических обобщений.