Фамилия Пукшина образована от мирского имени Пукша, которое в старину давали человеку в дополнение к крестильному. В основе имени лежит название лесной птицы семейства врановых — пукши. Эта небольшая птица, родственная сойке, обитает в северной тайге, и имя с таким значением было частью древней традиции: родители верили, что, назвав ребёнка в честь представителя живой природы, они помогут ему перенять её полезные качества, а сама природа будет воспринимать малыша как своего. Такие имена-обереги были широко распространены в дохристианской Руси и долго сохранялись в быту.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пукшина буквально означает «дочь или жена Пукши». Это одна из самых древних моделей русских фамилий, которая закрепилась в основном в северных и центральных регионах России.

Есть и вторая версия происхождения, связанная с топонимом. В Ярославской области протекает река Пукша, и такое же название носят несколько деревень в бассейне Волги. Если основатель рода был выходцем с берегов этой реки, его потомки могли получить прозвание Пукша по месту жительства — так нередко называли переселенцев, переехавших в другой уезд. Эта версия не противоречит первой: и птица, и река дали жизнь одному и тому же прозвищу, и обе основы могли существовать параллельно.

Правдоподобнее выглядит версия с птицей, поскольку мирские имена от названий животных и птиц были массовым явлением в русской антропонимии. Подтверждение этому находим в работах по ономастике, в частности у С. Б. Веселовского, который отмечал широкое бытование подобных имён в XV–XVII веках. Топонимическая версия, хотя и имеет право на существование, встречается реже: река Пукша — небольшой приток, и вряд ли она дала имя целому роду за пределами своей округи.

Встречается также вариант написания с одной «н» — Пукина, но это уже другое имя, от сокращённой формы Пук или от имени Прокофий. Фамилия Пукшина с двойным согласным звуком надёжно сохраняет связь именно с прозвищем Пукша.

Сословной принадлежности носителей фамилии установить не удаётся: Пукшины встречались и среди крестьян, и среди мещан, и в духовном сословии. Сведений о знаменитых носителях фамилии в открытых источниках нет, что неудивительно для фамилии, распространённой в основном в северных и поволжских губерниях.