Основой фамилии Пукшина послужило мирское имя Пукша. Фамилия Пукшина, скорее всего, образована от мирского имени Пукша, в основе которого лежит аналогичное существительное. Так в старину называли лесную птицу семейства врановых. Давая младенцу такое имя, как Пукша, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель животного мира. Оно же, возможно, происходит от названия реки Пукша, протекающей в Ярославской области. Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Пукшиных был выходцем из этих мест. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пукша, со временем получил фамилию Пукшина.