Фамилия Пуненков — редкая и неочевидная. Не каждый сразу скажет, от какого слова она образована, и это как раз тот случай, когда стоит разобрать не только корень, но и суффиксальную модель.

Самый вероятный источник — прозвище или мирское имя Пуненок. Суффикс -енок в русских фамилиях встречается нечасто, но он хорошо известен по белорусской и южнорусской традиции. В тех краях -енок (или -онок) означало «сын» или «детёныш»: волчонок, козлёнок, а в фамилиях — сын такого-то человека. Пуненок — это уменьшительная форма от прозвища Пунь, Пуня. Что такое пуня? В северных и центральных говорах так называли клеть, амбар, сеновал, а иногда и просто небольшой сарай. Человек мог получить прозвище Пуня за то, что жил в такой постройке, сторожил её или, наоборот, был невысоким и коренастым, похожим на приземистое строение. Соответственно, Пуненок — «сын Пуни», а Пуненков — уже отчество в привычной русской форме, то есть «чей? — Пуненков».

Есть и вторая, более прозрачная версия, хотя и менее правдоподобная по словообразованию. Фамилия могла возникнуть от слова «пунцовый» (ярко-красный). Но тогда логичнее ждать формы Пунцов или Пунцев. Суффикс -енков сюда не ложится: «пунцовый» не даёт основы «пунен». Поэтому версия с «пунцовым» — скорее народная этимология.

Географически фамилия Пуненков тяготеет к регионам, где говор «пуня» был в ходу: это Псковская, Новгородская, Тверская области, а также северо-западные районы. В современных базах данных носители встречаются редко, но сконцентрированы именно на северо-западе России, что косвенно подтверждает диалектное происхождение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Пуненков стоит в одном ряду с Пуниным, Пуняевым, Пуничкиным. Но все они образованы от той же основы «пун(я)» с разными суффиксами. Пуненков выделяется именно редкой моделью на -енков, которая в русском языке постепенно вытеснялась стандартными -ов и -ин. Так что фамилия — живой свидетель того, как в XVII–XVIII веках на севере ещё сохранялись старые патронимические формы, позже ставшие фамилиями.