Фамилия Пунегов образована от мирского имени Пунега, которое, по наиболее вероятной версии, восходит к коми слову со значением «вьюга». В старину у многих народов, включая коми и русских Севера, существовал обычай давать ребёнку имя по обстоятельствам его появления на свет. Если младенец родился в метель, его могли назвать Пунегой, и это имя закреплялось за ним как личное, нецерковное.

Мирские имена в крестьянской среде употреблялись наравне с крестильными, а часто и вместо них. Они не были случайным капризом — такие имена служили оберегом или, наоборот, фиксировали примету. Имя Пунега как раз из этого ряда: оно не указывало на черты характера или ремесло, а отражало природное явление, свидетелем которого стала семья. Потомок человека по имени Пунега со временем получил фамилию Пунегов по стандартной модели: к основе добавили притяжательный суффикс -ов, означавший «сын Пунеги».

Сам суффикс -ов здесь работает без изменений, но интересна именно основа. В русских говорах северо-востока и в коми языке слова, близкие к «пунега», встречаются в значении метели, бурана. Поэтому версия о погодном прозвище выглядит убедительнее, чем попытки связать имя с другими корнями. Впрочем, полностью исключать иное происхождение нельзя: в некоторых диалектах основа могла иметь иные смысловые оттенки, но письменных подтверждений этому мало.

Географически фамилия тяготеет к северным регионам — территориям современного Коми и Архангельской области, где коми-зырянское влияние на русскую антропонимию было ощутимым. Там подобные имена и фамилии от них не редкость. В центральной России Пунеговы встречаются заметно реже, что косвенно подтверждает северное происхождение.

Точных сведений о знаменитых носителях фамилии в открытых источниках немного, и выдумывать их не стоит. Сама фамилия — редкая, и это делает её особенно ценной для семейной истории: по ней можно проследить путь предков с Севера, где имя Пунега, данное в честь вьюги, стало началом целого рода.