Фамилия Пунегов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Пунегов послужило мирское имя Пунега. Мирское имя Пунега, вероятно, восходит к аналогичному коми слову, что означает «вьюга». Скорее всего, имя Пунега указывает на погоду, которая сопутствовала рождению младенца. К подобным именованиям может относиться и имя Пунега. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пунега, со временем получил фамилию Пунегов. О точном месте и времени возникновения фамилии Пунегов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пунегов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.