Фамилия Пуняков образована от личного прозаища Пуняк, и это один из распространённых типов русских фамилий, где основой становится бытовое имя, данное человеку. Слово «пуня» у восточных славян означало хозяйственную постройку: сарай для хранения сена, чулан для разной утвари, а иногда и хлев. В некоторых регионах в такой пуне мог спать и сам хозяин, особенно в тёплое время года, поэтому прозвище Пуняк могло закрепиться за человеком, который жил при постройке или постоянно возился с сеном и скотиной.

Скорее всего, прозвище указывало не на ремесло, а на место, где предок жил или проводил много времени. Такая модель — называть человека по двору, избе или хозяйственной постройке — встречается в русской ономастике довольно часто, сравните с фамилиями Амбаров, Сараев, Клеткин. Суффикс -ак в прозвище Пуняк придавал слову разговорный, даже несколько сниженный оттенок, что типично для деревенских прозвищ.

Потомки человека по прозвищу Пуняк со временем получили фамилию Пуняковы, и здесь мы видим стандартную патронимическую модель с суффиксом -ов, который отвечает на вопрос «чей?». Форма Пуняковых, а не Пунякиных, говорит о том, что прозвище было мужским и устоялось в семье ещё до того, как закрепилась фамилия. Интересно, что слово «пуня» имеет диалектное распространение: оно встречается в северных и центральных областях России, а также у части восточных славян, поэтому фамилия могла возникнуть в тех местах, где этот термин был в обиходе.

Точное время и место возникновения фамилии Пуняков сейчас назвать сложно, поскольку процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XVI по XIX век, и проходил в разных регионах неравномерно. Тем не менее, фамилия Пуняков — это не просто набор букв, а замечательный памятник славянской письменности и культуры, который сохранил для нас бытовое слово, давно вышедшее из широкого употребления.