Фамилия Пунякина — женская форма фамилии Пунякин, и её разбор стоит начать с мужского варианта, чтобы понять, кто был предком. Основа «Пун-» встречается в русских говорах и фамилиях нечасто, что делает Пунякина одной из редких, но прозрачных по происхождению фамилий.

Самый вероятный корень — диалектное слово «пуня» или «пунька», которое в рязанских, тамбовских и пензенских говорах означает «сарай», «сеновал» или «хлев для мелкого скота». Человек, живший при такой постройке или работавший с ней, мог получить прозвище Пуняка. Суффикс «-к(а)» в прозвище указывает на уменьшительно-пренебрежительный оттенок — не просто «тот, кто в пуне», а «маленький пуня», «пунятник». В таком случае Пунякин — это отчество второго порядка: «сын Пуняки», то есть сына человека по прозвищу Пуняка. Модель образования простая: прозвище на -а (Пуняка) → притяжательное прилагательное на -ин (Пунякин сын) → фамилия.

Менее вероятна, но возможна версия от личного имени Пуня — краткой формы от канонических имен вроде Пудик (от Пудис, греческого «стыдливый») или даже от Порфирий (в народной форме Проня, Пуня). В этом случае Пунякин означал бы «потомок Пуни». Но у имени Пуня нет широкого распространения в святцах, и прозвищная версия выглядит убедительнее: бытовое окружение давало прозвища чаще, чем редкие церковные формы.

География фамилии Пунякин (и Пунякина) тяготеет к центральным и южным областям России — Тамбовская, Воронежская, Рязанская губернии, где слово «пуня» было в ходу. Это косвенно подтверждает связь с хозяйственной постройкой, а не с личным именем.

Социальный контекст прост: предки Пунякиных, скорее всего, были крестьянами или мелкими ремесленниками, жившими в сельской местности. Фамилия не дворянская, не купеческая — она из той среды, где прозвище давали по месту жительства или занятию. Суффикс «-ин» (а не «-ов») типичен для фамилий, образованных от существительных мужского рода на -а, что еще раз подтверждает прозвищную основу.