Фамилия Пунякин звучит непривычно, но её происхождение довольно прозрачно. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Пуня. Это уменьшительная форма от целого ряда имён, чаще всего — от Пантелей (Пантелеймон) или Парфений. В русских говорах «пуня» могло означать и «хлев для скота», и «чулан, кладовка», однако для фамилии вероятнее именная основа: так могли ласково называть ребёнка.

Формант -ин указывает на принадлежность: Пунякин буквально значит «сын Пуняки». Суффикс -ак-/-як- в имени Пуняка — типичный для северных и сибирских говоров (сравните: Рыжак, Седяк, Малышак). Он придавал прозвищу оттенок просторечия и фамильярности, поэтому Пунякин — фамилия скорее крестьянская или мещанская, а не дворянская.

Спорным моментом может быть связь с диалектным глаголом «пунять» — «гнуть, клонить». Если прозвище Пуня получил сутулый человек, то фамилия приобретает описательный характер. Но эта версия менее распространена: в ономастике принято исходить из личных имён, а не редких глаголов.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. Встречается в старых переписях Вятской и Костромской губерний, где были сильны традиции нецерковных имён. В советское время фамилия стала редкой — носители могли сменить её на более благозвучные варианты вроде Пантелеева.

Таким образом, Пунякин — это типичная «именная» фамилия, образованная от ласкового прозвища, которое носил ваш предок. Она не таит в себе загадочного смысла, но хорошо сохраняет память о том, что в русской деревне человека могли называть не по святцам, а по-домашнему, по-свойски.