Фамилия Пунякова — женская форма, а её мужской вариант Пуняков. Это типичная русская фамилия, образованная по модели «основа + суффикс -ов», которая указывает на принадлежность: Пуняков буквально означает «сын Пуняка» или «из семьи Пуняка». В основе фамилии лежит прозвище или неканоническое имя Пуняк.

Корень здесь — Пунь-. В русских говорах «пуня» — это сарай, хлев, особенно для хранения сена или соломы. В словаре Владимира Даля «пуня» описывается как «сеновал, сарай для сена». Слово распространено в северных и центральных областях России, а также в Белоруссии. Соответственно, прозвище Пуняк могли дать человеку, который жил при пуне, работал в ней или, в переносном смысле, был медлительным, «сарайным» — то есть домоседом.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «пунять», что значит «надуваться, важничать». В этом случае Пуняк — прозвище гордеца или обидчивого человека. Однако первая версия, от названия хозяйственной постройки, выглядит убедительнее, так как прозвища по месту жительства или роду занятий встречаются в русской ономастике гораздо чаще, чем прозвища по характеру, образованные от редких глаголов.

У фамилии Пуняков есть «двойники» с тем же корнем: Пунин, Пунев, Пунегов. Все они восходят к той же диалектной лексике. Интересно, что суффикс -ак в прозвище Пуняк — уменьшительно-уничижительный или, наоборот, указывающий на характерный признак (ср. «простак», «гуляка»). То есть Пуняк — это не просто «человек из пуни», а человек, с которым эта пуня прочно ассоциировалась, возможно, как с хозяином или постоянным работником.

Географически фамилия Пуняков встречается в основном в центральной России и Поволжье, что совпадает с ареалом распространения слова «пуня». В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян с таким прозвищем в ярославских и костромских землях. Значит, предки современных Пуняковых были, скорее всего, крестьянами или сельскими ремесленниками, жившими вблизи хозяйственных построек и получившими фамилию по самому заметному объекту своего быта.