Основой фамилии Паненков послужило имя Паня. Паня - уменьшительная форма крестильных мужских имен Пантелеймон (в переводе с греческого - «всемилостивый), Панкратий (от древнегреческого pankratos – «сильнее всех»), Панфил (в переводе с греческого - «всеми любимый»).