Основой фамилии Паненкова послужило имя Паня. Паня - уменьшительная форма крестильных мужских имен Пантелеймон (в переводе с греческого - «всемилостивый), Панкратий (от древнегреческого pankratos – «сильнее всех»), Панфил (в переводе с греческого - «всеми любимый»). Скорее всего, основатель рода Паненковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Со временем, вероятно, род Паненко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ова.