Фамилия Паненков — классический пример русской «патронимической» фамилии, то есть образованной от личного имени или прозвища отца. В основе лежит имя Паня — так в старину домашние и соседи звали человека, носившего одно из крестильных имён, начинавшихся на «Пан-». Чаще всего это Пантелеймон («всемилостивый» по-гречески), Панкратий (от древнегреческого «панкратос» — «сильнее всех») или Панфил («всеми любимый»). Различить, какое именно имя носил первый Паненков, почти невозможно: все три в бытовом общении сокращались до одинаковой ласковой формы Паня.

Суффикс «-енков» указывает на принадлежность: Паненков буквально значит «сын Пани». Такая модель с суффиксом «-енков» вместо более привычного «-ов» или «-ев» исторически закрепилась на русском Севере, в Поволжье и в чернозёмных областях, а позже распространилась и на юг, в частности на Дон и Кубань. Если встречаете Паненкова — с большой вероятностью его предки родом оттуда, а не из центральных московских земель, где чаще говорили бы «Панин» или «Паньков».

Само имя Паня в XVI–XVII веках было вполне обычным, а не редким. Оно встречается в документах как самостоятельное, без «расшифровки», что говорит о его широкой употребительности среди крестьян и посадских людей. Поэтому фамилия Паненков не дворянская и не купеческая по происхождению — она из народной среды, где отчество по отцу закреплялось за детьми и внуками естественным путём.

О точной дате и месте возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, а письменные источники по конкретным сёлам часто утрачены. Тем не менее, сама фамилия Паненков — живой памятник славянской письменности и культуры. Она сохранила в себе и древнее греческое имя, пришедшее на Русь с крещением, и чисто русскую уменьшительную форму, и диалектный суффикс, который до сих пор позволяет примерно очертить географию предков.