Фамилия Пупченкова хранит память о прозвище дальнего предка — Пупча. Это прозвище, в свою очередь, ведет начало от нарицательного «пуп». В старину этим словом называли не только известную часть тела, но и любую выпуклость, а также середину чего-либо. Поэтому прозвище Пупча могло указывать на разные особенности человека.

Первая версия связывает прозвище с местом жительства. Пупчой могли назвать человека, который жил в холмистой местности или в деревне, со всех сторон окруженной лесом, — то есть в самом «пупе», в середине округи. Вторая версия обращается к внешности: так могли прозвать полного, упитанного человека. Обе гипотезы опираются на прямое значение слова, и какая из них верна для конкретного рода, теперь уже не установить.

Есть и менее очевидный, но любопытный вариант. В псковских говорах пупом называют одну из разновидностей грибов. Если придерживаться этой версии, прозвище Пупча получал человек, занимавшийся сбором и продажей грибов. Такое занятие было распространено, и прозвище по роду деятельности встречалось не реже, чем по внешности или месту жительства.

Сама фамилия образована по типичной для русских фамилий модели: к основе Пупч- добавился суффикс -енк-, указывающий на принадлежность потомку («чей-то сын»), а затем и фамильный суффикс -ов. Форма Пупченков, а для женщин Пупченкова, закрепилась в документах. Однокоренные фамилии встречаются в письменных источниках уже в XVI–XVII веках: в 1600 году упоминается подьячий в Шелонской пятине Жданко Иванов Пупынин, а в 1676 году — ростовский дворянин Лука Григорьев сын Пупков. Эти записи подтверждают, что прозвища с корнем «пуп» были в ходу и использовались как полноценные именования людей. Прозвище Пупча, закрепившись за основателем рода, со временем и легло в основу фамилии Пупченков, которую потомки передавали из поколения в поколение.