Фамилия Пупченков происходит от прозвища Пупча, которое легло в основу фамилии по модели «прозвище + суффикс». Здесь мы видим редкий для русских фамилий суффикс -енков, который обычно указывает на западнорусское или украинско-белорусское влияние, в отличие от более частотного -ов. Прозвище Пупча восходит к нарицательному «пуп», которым в старину называли любую выпуклость, а также середину чего-либо. Поэтому прозвище могло указывать на место проживания основателя рода — в холмистой местности или в деревне, окруженной со всех сторон лесом, — либо на его внешние особенности, например полноту и упитанность.

В псковских говорах пупом называют одну из разновидностей грибов. Согласно этой версии, прозвище Пупча получил человек, занимавшийся сбором и продажей грибов. Эта гипотеза выглядит правдоподобной, так как прозвища по роду занятий были широко распространены в крестьянской среде, но все же уступает по частоте версии о внешности или месте жительства — такие прозвища давали чаще.

Однокоренные фамилии документированы в XVI–XVII веках: Жданко Иванов Пупынин, подьячий в Шелонской пятине (1600 год); Лука Григорьев сын Пупков, ростовский дворянин (1676). Эти записи показывают, что прозвища с основой «пуп» бытовали в разных слоях общества — и среди приказных людей, и среди дворян. Так и прозвище Пупча закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем легло в основу фамилии Пупченков.

Потомок человека, обладающего прозвищем Пупча, со временем получил фамилию Пупченков. Формант -енков в данном случае — это патронимический суффикс, указывающий на «сына Пупченка», то есть внука или потомка Пупчи. Такая модель образования типична для фамилий, сложившихся в XVI–XVII веках, когда прозвища отцов передавались детям с прибавлением суффикса.

Процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Пупченков можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований. Однако самобытность этой фамилии — в её редком суффиксе и многозначности корня, который мог описывать и внешность, и ландшафт, и даже грибной промысел предков.