Фамилия Пупченко напрямую связана с прозвищем Пупча, которое, в свою очередь, восходит к нарицательному «пуп». В старину этим словом называли не только известную часть тела, но и любую выпуклость, а также середину или центр чего-либо. Отсюда и первая версия происхождения прозвища: оно могло указывать либо на место жительства основателя рода — например, в холмистой местности или в деревне, окруженной со всех сторон лесом, — либо на его внешность, а именно полноту и упитанность.

Однако есть и менее очевидная, но любопытная версия. В псковских говорах пупом называют один из видов грибов. Если принять эту версию, то прозвище Пупча мог получить человек, который промышлял сбором и продажей грибов. В таком случае фамилия указывает не на внешность или место жительства, а на род занятий предка, что делает её близкой к «профессиональным» фамилиям вроде Гончаров или Кузнецов.

Словообразовательная модель здесь типична для украинских и южнорусских фамилий: суффикс -енко, который изначально означал «сын» или «потомок». То есть Пупченко — это буквально «сын Пупчи». Показательно, что однокоренные фамилии фиксируются в документах уже в XVI–XVII веках: в 1600 году упоминается Жданко Иванов Пупынин, подьячий в Шелонской пятине, а в 1676 году — Лука Григорьев сын Пупков, ростовский дворянин. Эти записи подтверждают, что прозвищная основа «пуп-» была живой и распространенной в допетровской Руси, причем не только среди крестьян, но и среди служилых людей.

Выбрать одну версию из двух сложно, но лингвистически более обоснованной выглядит первая. Слово «пуп» в значении «возвышенность» или «середина» встречается в разных славянских диалектах, тогда как грибное значение — узко локальное. Впрочем, для фамилии это не столь важно: и та, и другая трактовки сходятся в том, что прозвище Пупча было дано человеку по характерному признаку, будь то место, внешность или занятие. Со временем это прозвище закрепилось как основное именование, а его потомки получили фамилию Пупченко.