Фамилия Пупченко образована от прозвища Пупча. Оно ведет свое начало от нарицательного «пуп», которым в старину называли любую выпуклость, а также середину чего-либо. Поэтому прозвище Пупча могло указывать как на место проживания основателя фамилии (в холмистой местности; в деревне, окруженной со всех сторон лесом), так и на его внешние особенности (полнота, упитанность). Кроме того, в псковских говорах пупом называют одну из разновидностей грибов. Согласно этому, прозвище Пупча, предположительно, получил человек, занимавшийся сбором и продажей грибов. Однокоренные фамилии впервые документированы в ХVI-ХVII веках: Жданко Иванов Пупынин, подьячий в Шелонской пятине (1600 год) и Лука Григорьев сын Пупков, ростовский дворянин (1676). Так и прозвище Пупча закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Пупченко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пупча, со временем получил фамилию Пупченко.