Фамилия Пупчихин образована по модели, которая сразу выдает ее севернорусское или сибирское происхождение. Это форма на «-ихин», типичная для фамилий, возникших из прозвища жены. Если мужчину звали Пупко, то его жену в деревне называли Пупчиха — «жена Пупки», а их дети и внуки становились Пупчихиными. Такой способ словообразования был широко распространен в старину и часто закреплялся в качестве фамилии именно за потомками, а не за самим носителем прозвища.

Само прозвище Пупко восходит к слову «пуп», которое в народной речи значило больше, чем просто анатомический термин. Так могли называть любую выпуклость: прыщ, волдырь, холмик, а также середину чего-либо. В некоторых говорах Пупком ласково называли упитанного ребенка, карапуза или полного невысокого мужчину. Поэтому основатель рода, скорее всего, получил прозвище за внешние особенности — плотное телосложение или невысокий рост, хотя не исключено, что поводом послужила какая-то заметная деталь внешности вроде родинки или припухлости.

Интересно, что фамилия Пупчихин не единственная в этом ряду. От той же основы возникли Пупков, Пупов, Пупкин, Пупочкин. Но форма на «-ихин» выделяется на их фоне: она не просто указывает на предка, а сохраняет память о том, как его величали в семье и на улице. Если Пупковы могли появиться в любом регионе, то Пупчихины почти наверняка ведут род из тех мест, где притяжательные фамилии от женских прозвищ были нормой — из Архангельской, Вологодской, Вятской губерний или из-за Урала.

Со временем связь с прозвищем стерлась, и фамилия зажила самостоятельной жизнью. Сегодня она встречается редко, что делает ее особенно ценной для генеалогического поиска: носители фамилии, скорее всего, действительно связаны общим предком, а не просто однофамильцы.