Фамилия Пупчин образована от прозвища Пупча. В старину словом «пуп» называли любую выпуклость, а также середину чего-либо. Отсюда и прозвище: оно могло указывать на место жительства основателя фамилии — холмистую местность или деревню, окруженную лесом со всех сторон, — либо на внешние особенности, например полноту и упитанность.

Есть и менее очевидный вариант. В псковских говорах пупом называли разновидность грибов. Так что Пупчей могли прозвать человека, который собирал и продавал грибы. Эта версия объясняет фамилию не через внешность или ландшафт, а через род занятий, что для прозвищ XV–XVII веков не редкость.

Само прозвище Пупча звучит как уменьшительно-ласкательная форма: суффикс -ч- придавал именованию бытовой, разговорный оттенок. А фамилия Пупчин построена по классической русской модели: к основе Пупч- добавили притяжательный суффикс -ин, который указывает на принадлежность потомку. То есть Пупчин буквально значит «сын Пупчи».

Однокоренные фамилии документированы уже в XVI–XVII веках. В 1600 году упоминается Жданко Иванов Пупынин, подьячий в Шелонской пятине, а в 1676-м — Лука Григорьев сын Пупков, ростовский дворянин. Эти записи показывают, что основа «пуп-» была в ходу в разных регионах и у разных сословий: и у приказных людей, и у дворян. Прозвище Пупча, судя по всему, бытовало в тех же кругах и со временем закрепилось за человеком как основное именование, а уже от него пошли Пупчины.