Фамилия Пустакин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка было образовано от слова «пустой», но не в прямом смысле «порожний». Скорее всего, так в старину называли человека несерьёзного, легкомысленного или бедного, «пустого» — то есть не имеющего ни состояния, ни веса в обществе. В русских говорах слово «пустак» означало именно пустяк, мелочь, ничтожное дело или никчёмного человека. Отсюда и прозвище Пустак, а фамилия Пустакин — это притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, отвечающее на вопрос «чей?»: сын Пустака.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых диалектах «пустак» могли называть пустоцвет — растение, которое цветёт, но не даёт плодов. Такое прозвище мог получить земледелец, у которого поля родили плохо, или же человек, от которого не было проку в хозяйстве. Однако основная гипотеза — всё же прозвище по характеру или социальному статусу.

Фамилия Пустакин не относится к числу распространённых. Она встречается в основном в центральных и северных областях России — в Костромской, Вологодской, Архангельской землях. Это указывает на её исконно русское, крестьянское происхождение. В дворянских родословных книгах она не отмечена, что подтверждает: носители фамилии происходили из податных сословий.

Интересная деталь: фамилия Пустакин стоит в одном ряду с менее прозрачными однокоренными — Пустовалов, Пустозвонов, Пустоплесов. Но если в тех фамилиях вторая часть проясняет смысл (валять, звонить, плести), то Пустакин образована от самостоятельного прозвища без добавочного корня. Это делает её более древней по модели: такие фамилии часто фиксировались раньше, чем составные, и могли возникнуть ещё в XV–XVI веках.