Фамилия Пустакова — женская форма фамилии Пустаков, и начинать её разбор стоит с мужского варианта. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Пустак. Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов- (в женском роде -ова) указывает на принадлежность («чей?»), то есть Пустаков буквально значит «сын Пустака».

Корень «пуст-» в русских говорах многозначен. Самое прямое значение — «пустой, порожний», но в народной речи слово «пустак» могло относиться к человеку с разными характеристиками. По одной версии, так называли бедняка, у которого «пусто в кармане» или в хозяйстве. По другой — легкомысленного, ветреного человека, «пустого» в смысле несерьёзности. В некоторых диалектах «пустаком» могли назвать болтуна или сплетника, того, кто говорит «пустое».

Интересно, что фамилия Пустаков не так редка, как может показаться. Встречается она в разных регионах, но заметна концентрация в южнорусских областях — например, в Воронежской, Ростовской, а также в восточной Украине. Это может говорить о том, что прозвище Пустак было особенно употребительно именно в этих говорах.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с географическим названием. В России есть несколько урочищ и мелких населённых пунктов с корнем «пуст-» (например, Пустошь, Пустополье). Если предок происходил из такой местности, его могли прозвать Пустаком — «житель пустоши». Однако для фамилии Пустаков эта гипотеза слабее, чем прозвищная, так как суффикс -ак чаще образует именно личные прозвища, а не жительские названия.

Сравните с однокоренными фамилиями: Пустошкин, Пустынников, Пустовалов. У них разная суффиксация, но общий корень часто указывает на сходные социальные или бытовые черты предка. Пустаков стоит в этом ряду как одна из самых прямых по смыслу фамилий: прозвище было дано за конкретное качество или положение, и оно не утратило своей прозрачности для носителя языка.