Фамилия Пуйга — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, минуя типичные русские суффиксы -ов, -ев, -ин. Это так называемая «окаменелая» форма, где само прозвище стало родовым именем. Такие фамилии чаще встречаются на западе и северо-западе России, в зоне влияния белорусской и украинской ономастики, где суффиксация была менее обязательной.

Корень слова — «пуйг-» — прозрачно связывается с диалектным глаголом «пуйгать», который в южнорусских и украинских говорах означает «кричать, визжать, издавать резкий звук». Прозвище Пуйга могли дать крикливому, голосистому человеку, а в некоторых контекстах — тому, кто работал с громкими инструментами (пастух, лесник, бондарь). Вторая версия, менее распространённая, выводит основу из балтийских языков: литовское puiga — «слякоть, грязь», а в переносном смысле — «неряха». Тогда фамилия Пуйга несла бы уничижительный оттенок, указывая на неопрятность или небрежность.

С географической точки зрения фамилия тяготеет к Псковской и Смоленской областям, а также к востоку Беларуси. Именно в этих местах фиксируется наибольшая плотность носителей. Это неудивительно: регион был зоной смешения восточнославянских и балтских диалектов, что и породило слово с неоднозначной этимологией.

Интересная деталь: фамилия Пуйга — однофамилица для ряда украинских фамилий на -га (Потяга, Дерга, Гуляга), где основа — чистый глагольный корень. В русской традиции такие «голые» основы редко становились фамилиями, поэтому Пуйга выделяется как архаичная форма, сохранившая память о прозвище, а не о профессии или отчестве. Сословная принадлежность предков неясна: фамилия могла возникнуть как в крестьянской, так и в казацкой среде, но без дополнительных архивных данных точнее сказать нельзя.