Фамилия Пужеенков — редкий случай, когда написание расходится с произношением ровно настолько, чтобы сбить с толку и читателя, и исследователя. Двойное «е» в середине (Пуже-е-нков) бросается в глаза и сразу подсказывает, что перед нами не случайная описка, а след старого диалектного произношения или, что вероятнее, искусственной фиксации на письме.

Словообразовательная модель здесь — отчество с суффиксом -ов, но основа не прозрачна. Проще всего разбить фамилию на корень «пуже-» и суффикс «-енк-» (с последующим -ов). Суффикс -енк- в русских фамилиях обычно указывает на украинское или белорусское происхождение основы: Пужеенко — это украинская фамилия (или прозвище), а Пужеенков — её обрусевшая форма, где к основе на -енко добавили великорусский суффикс -ов. Такой гибрид часто встречается в южнорусских регионах, где пересекались украинские и русские говоры.

Корень «пуже-» ведёт к слову «пугать» или «пужаться». В диалектах «пужа» или «пуга» — это острая палка, которой гоняют скот, а также само пугало, страшилище. «Пужеенко» могло быть прозвищем человека, который пугал детей или скотину, либо того, кто сам был пуглив, боязлив. Второй вариант — производное от «пугач» (филин или крикун), но с уменьшительным суффиксом -енк- это маловероятно.

Фамилия практически не встречается в центральных областях России. Основные очаги — юг страны, особенно Ростовская область и Краснодарский край, а также приграничные районы Украины. Это подтверждает гипотезу о переселении украинских крестьян в XVIII–XIX веках. Сословно носители почти наверняка были крестьянами или казаками: фамилии на -енко в малороссийской среде были массовыми, а добавление -ов — типичная канцелярская русификация при переписях.

Есть и менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть из прозвища «Пужея» — человека, который «пужает» (пугает) на охоте или в игре. Но без письменных источников XVII века это лишь догадка. Спорных гипотез здесь больше одной, но самая правдоподобная — украинская основа с последующей адаптацией.