Фамилия Пуженков происходит от прозвища Пуженок, которое в старину давали человеку пугливому, тревожному, склонному бояться без видимой причины. В основе лежит древний глагол «пужать» — то есть пугать, страшить. От него же пошли слова «пугало», «испуг», а в некоторых говорах — «пужливый», то есть боязливый. Логика простая: если человека постоянно одолевали страхи, его так и называли — Пуженок, а его дети и внуки уже писались Пуженковыми.

Но у прозвища есть и вторая, менее очевидная сторона. В народе нередко давали имена наоборот, с защитным смыслом. Пуженком могли прозвать не того, кто сам всего боялся, а того, кто других держал в страхе — разбойника, деспота, строгого мужа или отца, при одном виде которого домочадцы трепетали. Такое «обережное» имя, по поверьям, должно было сбить с толку нечистую силу: назовешь злого человека Пуженком — и он не покажется ей опасным. Поэтому за одним прозвищем могли стоять два совершенно разных характера, и сказать, каким был конкретный предок, уже невозможно.

Сама модель образования фамилии типична для русских родовых имен: суффикс -ок уменьшал основу, а затем к ней прибавили притяжательный суффикс -ов. Так Пуженок превратился в Пуженкова — «сына Пуженка». Подобным образом возникли, например, Козленков, Орленков, Жученков. Фамилия эта редкая, она не попала в крупные общерусские словари, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, она закрепилась в одном или нескольких соседних регионах и дальше не пошла.

Встречается и вариант написания с буквой «о» в первом слоге — Поженков, но он мог возникнуть самостоятельно, от слова «пожня» (покос, луг), и к пугливости отношения не имеет. Если ваши предки писались именно через «у», то корень один — страх и всё, что с ним связано.