Фамилия Пякшева — женская форма мужской фамилии Пякшев. Её основа — прозвище или нецерковное имя Пякша. Слово «пякша» в русских говорах имеет несколько значений, и чтобы понять, какое из них легло в основу, нужно смотреть на регион бытования фамилии.

Самый вероятный корень — из северных и уральских говоров, где «пякша» (или «пякуша») означала «упрямец», «своенравный человек», а также могла относиться к тому, кто делает всё наперекор, «пятится» назад. В этом случае прозвище давали человеку с трудным характером, несговорчивому. Вторая версия, более редкая, связывает «пякшу» с диалектным глаголом «пякать» — говорить резко, отрывисто, бурчать. Тогда Пякша — ворчун.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище на -а (Пякша) плюс типичный суффикс принадлежности -ев. Фамилии на -ев обычно образовывались от основ на мягкий согласный или на -й, но в случае с Пякшей суффикс присоединился к основе, оканчивающейся на шипящий, что дало форму Пякшев. Это указывает на то, что фамилия могла сложиться в среде, где прозвище уже звучало как Пякша, а не Пякш.

Географически фамилия Пякшевы встречается в Вологодской, Архангельской областях и в Пермском крае — как раз в зоне бытования севернорусских говоров. Это косвенно подтверждает версию о характере или речи как основе прозвища. Встречаются также варианты написания Пякшов (с ударением на первый слог) — они могли возникнуть под влиянием местного аканья или ошибочной записи в документах.

Сословно Пякшевы, скорее всего, относились к государственным или черносошным крестьянам, реже — к однодворцам. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано, что типично для прозвищных фамилий, возникших в крестьянской среде.