Фамилия Пыхтунов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Пыхтунов образована от прозвища Пыхтун, которое восходит к глаголу «пыхтеть», что значит «сильно, глубоко дышать при напряжении». Возможно, Пыхтуном прозвали полного человека, которому было тяжело дышать при ходьбе, или же того, стремился старательно выполнять любое дело, то есть «попыхтеть над ним». Менее вероятно, что прозвище Пыхтун связано с глаголом «пыхтеть» в его диалектном значении. Так, на Севере слово «пыхтеть» означает также «проявлять надменность». Следовательно, прозвище Пыхтун может указывать на особенности характера или поведения предка. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пыхтунка, со временем получил фамилию Пыхтунов. О точном месте и времени возникновения фамилии Пыхтунов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пыхтунов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.