Фамилия Пынин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы, оканчивающейся на согласный, с помощью суффикса -ин. Это указывает на принадлежность к роду человека, который носил прозвище или имя Пыня. Вопрос в том, что означало это исходное слово.

Самая прямая и правдоподобная версия связывает прозвище Пыня с диалектным глаголом «пынить» — в некоторых русских говорах это значит «упрямиться», «капризничать», «дуться». Прозвище Пыня могли дать человеку с тяжелым, своенравным характером, который нелегко сходился с людьми. Фамилия в таком случае — память о нраве предка, а не о его профессии или месте жительства.

Существует и более редкая, но возможная гипотеза: Пыня — это вариант имени Пётр в его народной, «домашней» форме. В русской традиции имена часто укорачивали и переделывали: Пётр превращался в Петю, Петруню, а иногда и в Пыню. Такой переход не уникален: звук «т» в некоторых говорах мог заменяться на «ы» в безударной позиции, да и сами крестьянские формы имён бывали причудливыми. Если это так, то фамилия Пынин по смыслу равна фамилии Петин, но с иной, более редкой, звуковой оболочкой.

Интересно, что фамилия Пынин не имеет очевидной «географической привязки», как, скажем, фамилии на -ский или -их. Она встречается в разных регионах, но не образует плотных гнёзд. Это косвенно подтверждает, что её основа — не топоним, а именно прозвище или личное имя. Родственных фамилий, построенных от той же основы, немного: Пынеев, Пыньков. Все они редки, что делает фамилию Пынин заметной на фоне более массовых Петровых и Ивановых.