Фамилия Пынина — это женская форма, но в разговоре о происхождении мы всегда имеем в виду мужскую основу Пынин. Сама фамилия образована по самой распространённой в России модели: от прозвища или имени, оканчивающегося на -а, с помощью суффикса -ин. Если бы основа заканчивалась на согласный или -о, мы бы увидели суффикс -ов/-ев. Здесь же — классический «мамин» или «холопский» суффикс, указывающий на принадлежность: «чей?» — Пынин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Пыня.

Ключ к значению — в слове «пыня». В русских говорах так называли спесивого, надутого, чванливого человека. Слово происходит от глагола «пыжиться» — надуваться, важничать, стараться казаться значительнее, чем есть. Прозвище Пыня могли дать человеку с горделивой осанкой, любящему покрасоваться, или же, наоборот, в насмешку — тому, кто пытался казаться важным, но выходило смешно. Есть и более прозаичная версия: в некоторых диалектах «пыня» означало просто «толстяк» или «пузан», от того же корня «пыжить» — набивать, делать полным.

Фамилия довольно редкая. Её географическое ядро, судя по доступным данным, находится в северных и центральных областях России — в Вологодской, Кировской, Нижегородской губерниях. Там диалектное слово «пыня» было в ходу, и прозвище могло закрепиться в крестьянской среде. Сословно это, скорее всего, фамилия крестьянская или мещанская: у дворян такие «прозвищные» фамилии на -ин встречаются реже, если только не образованы от церковного имени (но Пыня — не календарное имя).

Интересная деталь: фамилия Пынин стоит в одном ряду с однокоренными Пыжов, Пыжиков. Пыж — тоже от «пыжиться», но с оттенком «набитый, тугой». Если Пыжов могло быть связано с оружейным пыжом или с плотным человеком, то Пынин — более мягкий, почти ласкательный вариант прозвища. Суффикс -ин здесь не столько уменьшительный, сколько указывающий на конкретное лицо: «вон тот, Пыня». Со временем прозвище забылось, а фамилия осталась — как напоминание о том, что предок когда-то выделялся характером или внешностью.