Фамилия Пинина принадлежит к древнему пласту русских фамилий, образованных от крестильных имен. Её основа — мужское имя Пина, которое на Руси бытовало как самостоятельная форма от нескольких календарных имен: Пинна, Пион и Пионий. Потомок человека по имени Пина со временем получал прозвище Пинин, а его дети и внуки уже носили фамилию Пинина.

Самая неожиданная версия связывает имя Пинна с греческим словом pinna — так древние греки называли морского моллюска с двустворчатой перламутровой раковиной. Имя это носил святой мученик Пинна, скиф по происхождению. Вместе с Риммом и Инном он принял мученическую смерть за веру Христову. Эти трое были учениками апостола Андрея: их схватили и привели к правителю, который пытался обольстить их соблазнами и лестными обещаниями, но они не склонились на предложенные почести.

Другая линия ведет к именам Пионий и Пион, восходящим к греческому piōn — «богатый». Этому имени покровительствует священномученик Пионий, пострадавший в Смирне во время гонений при императоре Декии (249–251 годы). Узнав о начале гонений, святой Пионий вместе с Савиной и Асклипиадом пребывал в строгом посте и сугубой молитве. После краткого допроса их отвели в тюрьму, где они встретили пресвитера Лина и женщину Македонию, также заключенных за исповедание Имени Господа. После многих истязаний святой Пионий не отказался от христианской веры.

Обе версии сходятся в главном: фамилия Пинина — «патронимическая», то есть указывает на отца. Суффикс -ин в русской традиции присоединялся к основам на -а или -я, поэтому от имени Пина закономерно появилась форма Пинин, а для женщин и потомков по женской линии — Пинина. Такая модель типична для северных и центральных регионов России, где краткие формы имен были в ходу чаще, чем в южных землях.

Любопытно, что в дореволюционных метрических книгах фамилия встречается и в мужском, и в женском варианте, но женская форма закрепилась за всеми членами семьи, когда речь шла о женщинах. Сегодня фамилия Пинина — редкая, но не исчезнувшая: её носители живут в разных областях России, и каждый из них хранит память о предке, носившем имя Пина, — имя, за которым стоит либо древний скифский мученик, либо богатый духом смирнский исповедник.