Фамилия Пиненко звучит на украинский лад и образована по распространённой в южнорусских и украинских землях модели с суффиксом -енко. Этот суффикс указывал на родство по отцу или на принадлежность к роду: Пиненко — буквально «сын Пинена» или «из рода Пины». Основа фамилии, скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу Пина.

Здесь есть два основных пути. Первый: Пина — это сокращённая форма от канонического имени Пинна (редкое греческое имя, связанное с финикийским городом Библ, по-гречески — Библос). В святцах есть мученик Пинна, имя которого могло попасть на Русь через церковные книги, хотя широкого распространения оно не получило. Второй вариант — прозвище Пина, образованное от глагола «пинать» (толкать, бить ногой). В диалектах «пина» могла означать «непоседа», «задира» или, наоборот, «упрямец, которого трудно сдвинуть». Прозвища от глаголов движения и действия — типичная черта народной ономастики.

С географической точки зрения фамилия Пиненко тяготеет к восточным областям Украины и прилегающим южным регионам России. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном характере. Сравнение с однокоренными фамилиями (Пинин, Пинов, Пиненков) показывает, что модель с -енко — самая поздняя и характерная именно для казацких и крестьянских родов, которые активно оформляли фамилии в XVII–XVIII веках.

Отдельно стоит отметить, что фамилия не связана с польским словом «pieniądze» (деньги) или немецким «Pfennig» (пфенниг) — это ошибочные народные этимологии, не подкреплённые словообразовательной логикой. Суффикс -енко в польском языке практически не используется, а в немецком он отсутствует вовсе.

Таким образом, Пиненко — это отчество или отпрозвищная фамилия, сформировавшаяся в среде, где суффикс -енко был основным способом обозначения потомка. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были людьми незнатного происхождения — крестьянами, казаками или мещанами, а прозвище родоначальника отражало либо его имя по святцам, либо живую черту характера.