Фамилия Пышонин образована от прозвища или неканонического имени Пышоня. В основе лежит слово «пышный» — в старину так могли назвать полного, дородного человека или, напротив, того, кто любил прихвастнуть, «распушить перья». Уменьшительно-ласкательный суффикс -оня (как в Тишоня, Мишоня) придаёт прозвищу бытовой, семейный оттенок — так в деревне могли окликнуть ребёнка или младшего родственника. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Пы-шони», то есть потомок человека с таким прозвищем.

В русских говорах слово «пышный» имело и другие оттенки: рыхлый, взбитый, мягкий. Не исключено, что Пышоней дразнили человека с пышной шевелюрой или окладистой бородой. Встречается и диалектное «пышонка» — пышка, оладья; возможно, прозвище закрепилось за пекарем или любителем сдобы. Но самая прямая версия — указание на внешность, поскольку прозвища по телосложению были одними из самых распространённых на Руси.

Фамилия редкая, сконцентрирована в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Кировской областях. Там же фиксируются однокоренные фамилии: Пышев, Пышков, Пышкин. Интересно, что в писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне с прозвищем Пышка — например, в новгородских и вологодских землях. Пышонин, скорее всего, более поздняя форма, закрепившаяся в XIX веке, когда прозвища окончательно превратились в наследственные фамилии.

Сословный состав носителей — в основном крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для прозвищной модели на -оня, которая редко проникала в высшие слои общества. В справочниках по ономастике фамилия не упоминается в числе знатных, но это не умаляет её ценности как живого свидетельства народной речи и бытовой наблюдательности.