Фамилия Пыстогов — один из тех редких случаев, когда основа слова не имеет очевидных параллелей в литературном русском языке. Если отбросить типичный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся корень Пыстог-. Самая правдоподобная версия ведёт к диалектному слову «пыстога» или «пыстог». В говорах Русского Севера и Урала так могли называть что-то вздутое, пышное, рыхлое — например, болотистую кочку, нарост на дереве или даже толстого, неповоротливого человека. Прозвище Пыстог, таким образом, могло закрепиться либо за человеком с соответствующим телосложением, либо за тем, кто жил на болотистой, «пыстогной» местности.

Словообразовательная модель проста и типична для XVI–XVII веков: прозвище Пыстог + патронимический суффикс -ов = «сын (или потомок) Пыстога». Фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной. Основной ареал — северо-восток европейской части России, в частности Пермский край и Кировская область. Встречаемость низкая, что подтверждает её происхождение из узкого местного говора, а не из общерусского лексикона.

Интересно, что фамилия не имеет вариантов с суффиксом -ин, хотя основа оканчивается на согласный. Это косвенно указывает на то, что прозвище Пыстог относилось к мужчине, а не к женщине (иначе мы бы получили Пыстогин). Также нет следов дворянского или священнического происхождения — Пыстоговы, скорее всего, крестьянский род, зафиксированный в писцовых книгах или ревизских сказках как государственные или заводские крестьяне.

Встречаются попытки связать фамилию с финно-угорскими корнями (например, коми-пермяцкое «пыст» — пухлый), но это лишь гипотеза. Русская диалектная основа выглядит убедительнее, так как суффикс -ог характерен именно для славянских прозвищных образований (сравните: Бурог, Косог, Толстог — все от прилагательных или существительных). Таким образом, Пыстогов — это, вероятно, «потомок полного, грузного человека» или «житель болотистой кочки».