Фамилия Пыстоговы — редкий случай, когда географическая привязка оказывается едва ли не важнее, чем разбор корня. Она почти наверняка родом с Русского Севера, из архангельских или вологодских земель, где и сегодня встречаются её носители. Основа фамилии — прозвище Пыстог, в котором слышится что-то резкое и быстрое: в северных говорах «пыстовать» значит «торопиться, суетиться, делать что-то поспешно». Человек, получивший такое прозвище, мог быть нетерпеливым, стремительным в работе или, наоборот, суетливым и непоседливым.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов- указывает на принадлежность, типичную для русских фамилий, образованных от прозвищ или личных имён. Пыстогов — буквально «сын Пыстога». Двойных суффиксов или редких окончаний тут нет, что говорит о позднем, уже «официальном» закреплении фамилии, когда её форма стандартизировалась по общерусскому образцу. Если бы фамилия возникла раньше, в XVI–XVII веках, она могла бы сохранить местный суффикс -их или -ых (Пыстогих), но этого не произошло.

Любопытно сравнить Пыстоговых с однокоренными фамилиями: Пыстин, Пыстова, Пыстоговский. Последняя, с суффиксом -ский, могла бы указывать на дворянское происхождение, но Пыстоговы — почти наверняка крестьянский род. В переписных книгах XVII–XVIII веков такие прозвища фиксировали за черносошными крестьянами и посадскими людьми Поморья. Прозвище Пыстог могло быть ироничным: так могли назвать медлительного человека в насмешку, но корень «пыст-» всё же тяготеет к значению «быстро, резко».

Встречается версия, что основа восходит к диалектному «пыст» — «пучок, клок шерсти или сена». Тогда Пыстогом могли прозвать косматого, лохматого человека. Эта гипотеза слабее: для неё нет устойчивой параллели в антропонимии, а глагольное значение «торопиться» встречается в северных говорах гораздо чаще и даёт больше прозвищ. Поэтому основная версия — прозвище по характеру или манере поведения.

Фамилия не получила широкого распространения за пределами Севера, что делает её своеобразным маркером: Пыстоговы с большой вероятностью происходят из одной локальной группы, возможно, из окрестностей Каргополя или Холмогор. Современные носители фамилии, если захотят углубиться в генеалогию, могут искать предков именно в этом регионе, а не в центральной России.