Фамилия Пюпке — один из тех редких случаев, когда носитель русского языка, взглянув на написание, сразу чувствует: корни здесь не славянские. И это верно. Фамилия явно немецкого или, шире, западно-балтийского происхождения, хотя её звучание для нас необычно.

Скорее всего, в основе лежит немецкое слово «Püpke» или «Pupke». В нижненемецких диалектах (Plattdeutsch) так могли называть маленького ребёнка, крошку, карапуза. Слово родственно верхненемецкому «Puppe» (кукла). Таким образом, прозвище Пюпке мог получить либо самый младший в семье, либо человек невысокого роста, либо тот, кого ласково называли «малышом». Суффикс «-ke» в немецких фамилиях — типичный уменьшительно-ласкательный (ср. Ханке, Фридрихс), так что значение «маленький» здесь почти наверняка.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — от балтийского (прусского или литовского) корня. В прусском языке есть слово «pupke» — «пупок» или «почка». Прозвище могло относиться к пухлому, круглому человеку или к тому, кто родился с какой-то особенностью. Однако массовое появление фамилий с таким окончанием в Восточной Пруссии (где жило много славян и балтов) чаще всё же связывают с немецкой колонизацией и онемечиванием местных имён.

Географически фамилия Пюпке почти наверняка привязана к бывшей Восточной Пруссии — современной Калининградской области, а также к Померании и Мекленбургу. В Россию она попала вместе с переселенцами-немцами в XVIII–XIX веках, либо как наследие после вхождения этих земель в состав СССР. Встречается она крайне редко, но если вы её носитель, ваши предки, скорее всего, были простыми людьми из немецких низов — крестьянами, ремесленниками или мелкими бюргерами, получившими прозвище за свой маленький рост или детскую внешность.