Фамилия Пепке звучит нехарактерно для русского уха, и тому есть прямое объяснение: это не славянская, а немецкая фамилия. В России она встречается крайне редко и, скорее всего, принадлежит потомкам немцев-колонистов, переселявшихся в нашу страну по приглашению Екатерины II в XVIII–XIX веках. Основные регионы бытования фамилии в современной России — Поволжье, Западная Сибирь и Алтайский край, то есть места традиционного расселения российских немцев.

Основа фамилии — немецкое прозвище или уменьшительная форма имени. Самая вероятная версия: Пепке (Pepke) — это вариант нижненемецкого диалектного слова или производное от личного имени. Чаще всего ономасты связывают её с именем Филипп (Philipp): в некоторых немецких говорах его сокращали до «Pep» или «Pepe», а суффикс -ke (характерный для восточно-нижненемецкого и померанского ареалов) образовывал уменьшительно-ласкательную форму. Таким образом, Пепке — это примерно то же, что и русское «Филиппок» или «Филя».

Менее распространённая, но не лишённая оснований гипотеза выводит фамилию от немецкого слова «Pepp» — «перец» или «острота» (в переносном смысле — бойкий, резкий человек). В таком случае прозвище Пепке могли дать человеку с острым языком или вспыльчивым характером. Однако форма с суффиксом -ke чаще указывает именно на личное имя, а не на нарицательное слово.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ke (на письме часто передаётся как -ке) — это классический немецкий диминутив, который в фамилиях закрепился без изменений. В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине (Пепке пришёл), и склоняется у женщин (у Пепке, с Пепке), хотя в бытовой речи часто остаётся неизменной по аналогии с другими немецкими фамилиями. По сути, это редкий случай, когда фамилия пришла в русский контекст в почти нетронутом виде, без добавления типичных русских суффиксов -ов или -ин.