Фамилия Пыжонкова — женская форма фамилии Пыжонков, и её происхождение тесно связано с прозвищем или именем Пыжонок. Основа фамилии — слово «пыж», которое в русских говорах имело несколько значений, и разобраться в них — ключ к пониманию, кем был первый носитель. Суффикс -онок (в исходной мужской форме Пыжонок) типичен для восточнославянских, особенно белорусских и севернорусских фамилий, и указывает на «младшего» или «сына»: Пыжонок — буквально «маленький пыж» или «сын Пыжа». Сама фамилия Пыжонкова, таким образом, означает «дочь или жена Пыжонка» и появилась, когда женщинам стали давать фамилии по отцу или мужу.

Самая прямая и распространённая версия связывает прозвище Пыж с охотничьим ремеслом. Пыжом называли войлочную или бумажную прокладку в ружейном патроне, которая отделяла порох от дроби. Прозвище Пыж могли дать либо охотнику, либо, что вероятнее, мастеру, который изготавливал такие пыжи — ремесленнику, занятому скучной, но необходимой работой. В этом случае Пыжонок — его подмастерье или сын. Есть и другая, менее очевидная, но живая в диалектах версия: в некоторых областях «пыжом» называли человека маленького роста, щуплого или, наоборот, надутого, важного (от глагола «пыжиться» — стараться казаться больше, важнее). Какая из версий верна для конкретной семьи, без генеалогического поиска не определить, но охотничий корень выглядит более предметным и исторически устойчивым.

Фамилия Пыжонков (и Пыжонкова) — относительно редкая, что говорит о её локальном происхождении. Она могла возникнуть в одной местности и не распространиться широко. Сравнение с однокоренными фамилиями — Пыжов, Пыжиков, Пыжьянов — показывает, что модель на -онок стоит особняком: если Пыжов — это просто «сын Пыжа», то Пыжонок добавляет уменьшительно-ласкательный или «сыновний» оттенок, что характерно для фамилий, образованных от прозвищ в родительном падеже множественного числа (чьих будешь? — Пыжонковых). В документах XIX века такая форма часто встречалась в крестьянской среде северных губерний России, где фамилии на -онок (-ёнок) были особенно типичны. Сведений о дворянском происхождении Пыжонковых нет — скорее всего, это фамилия крестьян или мещан, закрепившаяся за одной семьёй или небольшим родом.