Фамилия Рачугин образована по типичной для славянских языков модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность к отцу или главе семьи. Поэтому изначально она отвечала на вопрос «чей ты будешь?» и означала «сын Рачуги». В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Рачуга — так могли называть человека с определёнными чертами характера или внешности.

Точное значение прозвища Рачуга вызывает споры. Наиболее вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «рачить», который в разных регионах означал «стараться, заботиться, усердно работать». В этом случае Рачугой называли рачительного, хозяйственного хозяина, который не разбрасывается добром. В пользу этой версии говорит и то, что однокоренные слова «рачительный» и «радение» прочно вошли в литературный русский язык именно со значением усердия и бережливости. Менее правдоподобно возводить основу к другим, более редким диалектным значениям, которые не получили широкого распространения за пределами отдельных говоров.

Именования, построенные по той же модели, что и фамилия Рачугин, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Суффикс -ин столь же характерен для русских фамилий, как -ов/-ев, и закрепился в основном за основами, оканчивающимися на гласный или мягкий согласный. Так что сама форма фамилии не указывает на какую-то узкую местность, а скорее говорит о древности её происхождения — такие модели активно работали в XV–XVII веках.

Безусловно, фамилия Рачугин представляет собой замечательный памятник славянской культуры. Она сохранила в себе след живой народной речи, то слово, которое могло быть позабыто в литературном языке, но продолжало жить в прозвищах. Передаваясь из поколения в поколение, фамилия по сей день хранит память о происхождении конкретного человека — о его предке, который чем-то выделился среди односельчан и получил своё имя-характеристику.

Однако процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Носители фамилии могли разойтись по разным губерниям, а прозвище Рачуга могло возникнуть независимо в разных сёлах. Поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Рачугин можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, которые потребуют работы с архивными документами, писцовыми книгами и метрическими записями.