Фамилия Рачугин образована по модели, которая встречается у восточных, западных и южных славян: от прозвища или личного имени, в основе которого лежит корень «рач». В русской традиции такое прозвище чаще всего связывали с раком — речным или морским. Человек мог получить его за манеру двигаться пятиться назад, за цепкость, сварливый характер или за то, что ловил и продавал раков. Реже в основе лежит уменьшительная форма имени Рачей, которое, в свою очередь, восходит к церковному имени Ираклий: в народной речи начальное «и» отпадало, а сочетание «кл» упрощалось.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Рачуга — это либо прямое прозвище, либо краткая форма имени Рачей, а Рачугин значит «сын Рачуги», «тот, кто из рода Рачугиных». Такая словообразовательная модель с суффиксом «-ин» типична для северорусских и сибирских фамилий, где её использовали чаще, чем на юге России. Если бы фамилия сформировалась в южных областях или на Украине, мы бы скорее увидели вариант Рачугенко, а в Польше или Беларуси — Рачуга или Рачужинский.

Стоит различать Рачугина и однокоренные фамилии Рачков, Рачковский, Рачковцев. У них общая основа, но разные суффиксы, и это говорит о разных путях образования: где-то взяли уменьшительную форму Рачко, где-то — прозвище Рачок. Фамилия Рачугин с её нечастым суффиксом «-уга» выделяется на их фоне: такая форма характерна для северо-западных говоров, где уменьшительные и прозвищные имена с этим суффиксом встречались чаще, чем в среднерусских.

В документах XVII–XVIII веков прозвище Рачуга встречается в переписях крестьян и посадских людей Архангельской, Вологодской и Вятской губерний. Это согласуется с общей картиной: фамилии на «-ин» с прозвищной основой особенно распространены в Поморье и на Русском Севере. Позже, с переселенческими потоками, Рачугины расселились по Сибири и Уралу, где такие фамилии нередко становились основой для целых крестьянских династий.

Точных сведений о дворянском происхождении Рачугиных нет: фамилия не входит в родословные книги, и большинство её носителей — потомки крестьян, мещан или казаков. В казачьих станицах Дона и Кубани тоже встречаются Рачугины, что неудивительно: переселенцы с Севера и из центральной России активно осваивали южные рубежи в XIX веке.

Если говорить о современном бытовании, фамилия остаётся редкой. По открытым данным, наибольшая концентрация Рачугиных — в Кировской и Архангельской областях, а также в Красноярском крае. Это подтверждает северное происхождение и последующую миграцию на восток.

Итог простой: Рачугин — фамилия с прозвищной основой, образованная по северорусской модели с суффиксом «-ин» от личного прозвища Рачуга. Прозвище могло отражать либо поведение человека, либо его занятие, либо восходить к имени Ираклий через народную форму Рачей. Спор между этими версиями решается в пользу первой: прозвища от названий животных и птиц в русской ономастике встречаются значительно чаще, чем редкие производные от церковных имён.