Фамилия Рачугина — женская форма фамилии Рачугин, и её разумнее рассматривать в мужском варианте, чтобы понять механизм образования. Основа здесь — прозвище или имя Рачуга. Слово «рачуга» в русских говорах имеет несколько значений, и чтобы выбрать верное, нужно присмотреться к суффиксу.

Фамилия образована с помощью типичного русского патронимического суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей сын?» — Рачугин. Значит, в основе лежит личное прозвище Рачуга, а не отчество от канонического имени. Суффикс -уга в русском языке часто придаёт слову увеличительное или пренебрежительное значение (ср. «зверюга», «ворюга»). Вероятнее всего, Рачугой называли человека, чем-то напоминающего рака: возможно, за красноватый цвет лица, за манеру пятиться назад или за цепкость рук. В некоторых диалектах «рачуга» могло означать и просто «рачий», то есть относящийся к ракам, но как прозвище оно закрепилось за человеком с соответствующей внешностью или повадкой.

Есть и менее очевидная версия, связанная с глаголом «рачить» — заботиться, стараться, быть бережливым. В этом случае Рачуга — человек хозяйственный, прижимистый, рачительный. Однако слово «рачить» дало бы скорее основу «рач-» с суффиксом -итель, а форма на -уга ближе к диалектным прозвищам по внешнему признаку. Поэтому первая версия — о связи с раком — кажется более правдоподобной.

Географически фамилия Рачугин встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях. Это зона, где активно бытовали прозвищные фамилии на -уга, и где реки и озёра изобиловали раками, что могло дать повод для прозвища.

Морфологически фамилия проста: корень «рач-», суффикс «-уг-», окончание -а (в мужском варианте — нулевое после -ин). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Рачу́гин, хотя в некоторых говорах возможно и Рачуги́н. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская по происхождению, что типично для прозвищ, закреплённых в документах XVII–XVIII веков.

Таким образом, предки носительницы фамилии Рачугина, скорее всего, получили прозвище за внешнее сходство с раком или за характерную походку, а со временем это прозвище стало родовым именем.