Фамилия Рачкина — женская форма, а её мужской вариант Рачкин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Рачко (сравните: Рачок, Рачёк). Слово «рачок» в старых русских говорах могло означать не только маленького рака, но и человека сгорбленного, сутулого, с «рачьей» походкой или цепкого, хваткого, как рак. Модель образования проста: к основе «Рачк-» добавили типичный русский суффикс принадлежности «-ин», который указывал на родство: «чей?» — Рачкин, то есть сын или потомок Рачка. Такая модель (Рачко → Рачкин) характерна для фамилий, возникших в северных и центральных регионах России, где бытовала форма имени на «-ко».

Менее распространённая, но возможная версия — связь с уменьшительной формой крестильного имени Родион. В народе Родиона могли звать Родька, Родя, а в некоторых говорах — Радя или Рачка. Тогда Рачкин — это «Родионов внук» через обиходное прозвище. Эта гипотеза объясняет появление фамилии в среде, где полные церковные имена заменяли домашними формами, но уступает первой по частотности: прозвище от названия животного или его повадок встречается в русских фамилиях гораздо чаще, чем производное от редкого варианта имени.

Суффикс «-ин», а не «-ов», указывает на то, что основа фамилии оканчивалась на «-а» или «-я» (Рачка, Рачко). В дореволюционных документах фамилия могла писаться через «о» — Рочкина, что отражает акающее произношение. Сейчас написание стабилизировалось, но в старых метрических книгах можно встретить оба варианта. Фамилия не дворянская и не купеческая — скорее всего, она принадлежала крестьянам или мещанам, получившим фамилию по уличному прозвищу предка. Географически Рачкины чаще всего встречаются в Поволжье и центральных областях России, что подтверждает бытовое, а не книжное происхождение.