Фамилия Рафагутдинова — яркий пример того, как в русском обиходе закрепилась арабская именная формула, переосмысленная по законам русской грамматики. Она образована от мужского имени Рафагутдин, которое представляет собой сложное арабо-мусульманское теофорное имя. Основа распадается на две части: «рафа» (от арабского «рафа’а» — возвышать, поднимать) и «гутдин» (вариант произношения «ад-дин» — вера, религия). В сумме имя Рафагутдин означает «возвышающий веру», «тот, кто поднимает религию» — типичная для исламского мира хвалебная конструкция, прославляющая преданность.

Суффикс «-ова» — обычный русский патронимический показатель, который присоединили к фамилии при её оформлении в качестве женского варианта. Мужская форма — Рафагутдинов. Эта модель (основа восточного имени + русский суффикс) в Поволжье и Приуралье встречается массово, но фамилия Рафагутдинов — не самая частая, что говорит о её относительно локальном бытовании. В отличие от фамилий от таких имён, как Ахметов или Ибрагимов, где носителей тысячи, Рафагутдиновы — более редкая ветвь, что может указывать на происхождение из одной родовой линии, а не из разных очагов.

Интересная деталь: написание с буквой «а» во втором слоге («Рафагутдинова», а не «Рафугутдинова») сохраняет арабскую огласовку. В разговорной речи имя могли произносить и как «Рафгутдин» (с выпадением гласной), но письменная фиксация в документах, скорее всего, шла от грамотного муллы или писаря, знавшего арабскую графику. Поэтому фамилия несёт на себе отпечаток не только устной, но и книжной, религиозной традиции.

Предки носительницы этой фамилии, вероятнее всего, были татарами или башкирами (реже — представителями других тюркских народов исламской традиции). Сословно — скорее всего, крестьяне или мещане, поскольку сложные арабо-персидские имена такого типа в XIX — начале XX века были распространены в среде сельских жителей, а не только духовенства. Встретить Рафагутдинову можно преимущественно в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях.