Фамилия Рафгутдинова — одна из тех, где при первом взгляде угадывается восточный, точнее тюрко-персидский, корень. Чтобы понять её происхождение, достаточно разбить основу на части. Первая часть «Раф» — это, скорее всего, искажённое или сокращённое арабское имя «Рафик» (друг, товарищ, спутник) или «Рафат» (милость, сострадание). Вторая часть «гутдин» — почти наверняка восходит к имени «Гутдин» или «Гаутдин», что в переводе с арабского означает «помощь веры» или «благо религии» (от «гаут» — помощь, поддержка). Третья часть — суффикс «-ова» — чисто русский, указывающий на принадлежность к роду. Получается, что фамилия образована от сложного мусульманского имени-сочетания, где «Раф» и «Гутдин» могли слиться в одно целое, или же это двойное имя, которое в быту записали как единое.

Модель образования здесь типична для народов Поволжья и Приуралья, особенно татар и башкир, которые в XIX–XX веках активно переходили на русскую фамильную систему. К основе мужского имени прибавляли русский патронимический суффикс «-ов» (или «-ев»), а для женщин — «-ова». То есть Рафгутдинова — это буквально «дочь (или жена) Рафгутдина». Мужской вариант фамилии — Рафгутдинов. В среде татар-мусульман такие длинные имена из двух корней — обычное дело: они отражают религиозные понятия (вера, помощь, милость) и часто заимствованы из арабского языка через ислам.

Географически фамилия Рафгутдинова встречается в основном в Татарстане, Башкортостане, а также в соседних регионах — Оренбургской, Самарской, Челябинской областях, куда переселялись татары. Встречаются и варианты написания — Рафгутдинов, Равгутдинов (с заменой «ф» на «в» из-за особенностей произношения в некоторых диалектах). Социальный контекст прост: предки носителя фамилии — скорее всего, крестьяне или ремесленники, получившие фамилию по отцу при переписях или при переходе на оседлость. Никакого дворянского или купеческого следа здесь нет — это массовая модель, характерная для простого сельского населения.

Если копнуть глубже, возможна и редкая версия: первая часть «Раф» могла быть самостоятельным именем «Раф» (редкое, но встречающееся у татар как сокращение от «Рафаил» или «Рафик»), а «гутдин» — вторым именем. В таком случае фамилия — результат сращения двух имён, данных при рождении, что не редкость в традиции, где ребёнку могли дать несколько имён. Однако более вероятно, что это единое составное имя, которое в русской записи потеряло разделение.