Фамилия Рафутдинов — яркий пример арабского заимствования, переработанного русским суффиксом. Её основа — мужское личное имя Рафутдин, а фамилию создали по стандартной модели: к восточному имени прикрепили русский патронимический суффикс -ов. Это означает «сын Рафутдина» или «потомок Рафутдина». Такая модель типична для татарских, башкирских и других тюрко-мусульманских фамилий, которые складывались в Российской империи в XIX — начале XX века, когда при переписях и воинском учёте людям давали фамилии по отцу.

Имя Рафутдин — сложное арабо-персидское образование. Первая часть, «Рафу», восходит к арабскому слову «рафи’» — «высокий», «возвышенный» или «поднимающий». Вторая часть, «-уддин» (или «-ад-дин»), означает «вера», «религия» (ислам). Вместе имя Рафутдин можно перевести как «высота веры» или «возвышающий религию». Это типичное теофорное имя, прославляющее ислам, и оно входит в обширный ряд имён на -утдин: Шарафутдин, Сафутдин, Гайнутдин, Нурутдин. В разговорной речи имя могли произносить и как Рафкатдин, что дало бы фамилию Рафкатдинов, но вариант с «т» — основной.

С точки зрения географии, фамилия Рафутдинов наиболее распространена в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской, Челябинской и Ульяновской областях — то есть в регионах традиционного проживания татар и башкир. Встречается она и у представителей других тюркских народов Поволжья и Урала. Социальный состав предков, скорее всего, был крестьянским или ремесленным: фамилия не указывает на дворянское или княжеское происхождение, а фиксирует родовое имя по отцу, что было нормой для податных сословий.

В написании фамилии возможны колебания: в паспортах иногда встречается вариант Рафутдинов с двумя «ф» (Раффутдинов), но это редкая ошибка, не меняющая корня. В дореволюционных документах могли писать «Рафутдиновъ» с твёрдым знаком на конце. Ударение в фамилии обычно падает на последний слог: Рафутди́нов, хотя в некоторых семьях, под влиянием татарского произношения, могут делать ударение на первый слог — Ра́футдинов.