Фамилия Рафанавичюс представляет собой вариант фамилии Рафанович, адаптированной балтами. В свою очередь, фамилия Рафанович может иметь польско-белорусско-еврейское происхождение и быть образована от семитского имени Рафан, которое переводится как «красивый», по другой версии - «исцеленный», с помощью славянского фамильного суффикса —ович. Также возможно, что имя Рафан дано по названию библейского города Рафан (Рафаны), который был расположен к востоку от Иордана. Известно, что он находился в союзе вместе с другими городами, который назывался Десятиградие.